Des excréments vieux de 50 000 ans révèlent le microbiome des intestins des Néandertaliens

Les humains ont une relation symbiotique avec les milliards de microbes qui vivent dans notre intestin, et les chercheurs ont maintenant découvert que cette relation s’étend sur des centaines de milliers d’années. Les scientifiques ont étudié des excréments de Néandertalien vieux de 50 000 ans et ils ont trouvé des traces de microbes intestinaux encore présents chez l’humain moderne, ce qui suggère que la symbiose remonte à avant notre dernier ancêtre commun.

Image d’entête : les excréments vieux de 50 000 ans (le plus ancien échantillon de matière fécale disponible à ce jour) ont été recueillis à El Salt, en Espagne. (Université de Bologne)

Nous avons tous en nous une communauté complexe de bactéries, de virus, d’archées et de champignons, et à mesure que les scientifiques continuent à décortiquer ce réseau, nous constatons que leur portée s’étend bien au-delà de ce que nous avions imaginé. Le microbiome de notre intestin peut affecter notre taux de sucre dans le sang, notre métabolisme, notre capacité à perdre du poids ou à bien dormir, et influencer nos chances de développer des maladies comme le diabète, le cancer, la sclérose en plaques, les maladies cardiaques, la schizophrénie, la maladie d’Alzheimer, la maladie de Parkinson et même la dépression.

Notre santé globale étant si inextricablement liée à ces micro-organismes, nous devrions également nous préoccuper de leur santé. Il est inquiétant de constater que la diversité diminue en raison de nos modes de vie modernes, qui sont remplis d’aliments transformés et d’une utilisation excessive d’antibiotiques.

Pour cette nouvelle étude, des chercheurs de l’université de Bologne en Italie ont donc entrepris d’identifier nos « vieux amis », c’est-à-dire les espèces qui sont avec nous depuis le plus longtemps et qui, en tant que telles, sont très probablement liées aux bienfaits de l’évolution. Cela peut aider à établir des priorités quant aux espèces à protéger et à développer de nouveaux traitements pour les cibler.

Pour ce faire, les chercheurs ont collecté des échantillons d’anciennes matières fécales, compactées dans le sol d’une grotte en Espagne, El Salt,  connue pour avoir été habitée par les Néandertaliens pendant des milliers d’années. Ils ont ensuite pu analyser l’ADN des microbes qu’ils contenaient et ils ont ainsi eu un aperçu des microbiomes intestinaux de ces parents humains disparus.

L’équipe a trouvé des traces de nombreuses bactéries connues pour habiter les intestins humains, notamment Blautia, Dorea, Roseburia, Ruminococcus, Faecalibacterium et Bifidobacterium. Ces « vieux amis » doivent être exceptionnellement vieux, il s’avère qu’ils étaient avec nos ancêtres bien avant que l’Homo sapiens n’apparaisse en tant qu’espèce.

Selon Silvia Turroni, première auteure de l’étude :

Grâce à l’analyse de leur ancien ADN, nous avons pu isoler un noyau de microorganismes communs avec l’Homo sapiens moderne. Cette découverte nous permet d’affirmer que ces anciens micro-organismes ont peuplé l’intestin de notre espèce avant la séparation entre Sapiens et Néandertaliens, qui s’est produite il y a environ 700 000 ans.

Une fois ces anciens amis identifiés, les chercheurs affirment que nous pourrons commencer à les protéger et, par extension, à nous protéger nous-mêmes.

Pour Marco Candela, auteur correspondant de l’étude

Ces résultats nous permettent de comprendre quels composants du microbiote intestinal humain sont essentiels pour notre santé, car ils font partie intégrante de notre biologie également d’un point de vue évolutif. De nos jours, on observe une réduction progressive de la diversité de notre microbiote en raison du contexte de notre vie moderne : les conclusions de ce groupe de recherche pourraient nous guider dans la conception de solutions adaptées à l’alimentation et au mode de vie pour contrer ce phénomène.

L’étude publiée dans Communications Biology : Components of a Neanderthal gut microbiome recovered from fecal sediments from El Salt et annoncée par le site de l’Université de Bologne via Eurekalert : Nehandertals’ gut microbiota and the bacteria helping our health.