Les nombreuses mutations du SRAS-CoV-2 n’ont pas évolué pour augmenter sa transmissibilité

Après être apparu à Wuhan, en Chine, fin 2019, le dernier coronavirus, le SRAS-CoV-2, a propagé la COVID-19 à travers le monde. Certains pays déclarent moins de cas, comme la Chine, tandis que d’autres ne peuvent pas connaître les chiffres, comme le Brésil, mais une chose est claire : la moitié du monde l’a, et le virus a muté en cours de route.

Image d’entête : rendu artistique des particules du virus SRAS-CoV-2. (NIAID)

Heureusement, aucune de ces mutations n’a augmenté sa transmissibilité, selon une nouvelle étude qui a examiné les génomes de virus de plus de 46 000 personnes atteintes de COVID-19 dans 99 pays.

Les coronavirus, comme le SRAS-CoV-2, sont un type de virus à ARN, qui peuvent tous développer des mutations de trois manières différentes : par erreur de copie lors de la réplication virale, par des interactions avec d’autres virus infectant la même cellule (recombinaison ou réassortiment), ou elles peuvent être induites par des systèmes de modification de l’ARN de l’hôte qui font partie de l’immunité de ce dernier (par exemple, le propre système immunitaire d’une personne).

La plupart des mutations sont neutres, tandis que d’autres peuvent être avantageuses ou nuisibles pour le virus. Les mutations tant neutres qu’avantageuses peuvent devenir plus courantes à mesure qu’elles sont transmises aux virus descendants.

L’équipe de recherche de l’University College London (Royaume-Uni), du CIRAD (France) et de l’Université de la Réunion, ainsi que de l’Université d’Oxford, a analysé un ensemble de données mondiales sur les génomes des virus de 46 723 personnes atteintes de COVID-19, recueillies jusqu’à la fin juillet 2020.

Les chercheurs ont jusqu’à présent identifié 12 706 mutations dans le SRAS-CoV-2, le virus responsable de la COVID-19. Pour 398 de ces mutations, il existe des preuves solides qu’elles se sont produites de manière répétée et indépendante. Parmi celles-ci, les chercheurs ont identifié 185 mutations qui se sont produites au moins trois fois indépendamment au cours de la pandémie.

Pour vérifier si les mutations augmentent la transmission du virus, les chercheurs ont modélisé son arbre d’évolution et ils ont analysé si une mutation particulière devenait de plus en plus courante dans une branche donnée, c’est-à-dire vérifier si, suite à une première mutation dans un virus, les descendants de ce virus surpassent les virus étroitement liés au SRAS-CoV-2 sans cette mutation particulière.

Les chercheurs n’ont trouvé aucune preuve que l’une des mutations courantes augmente la transmissibilité du virus. Au contraire, ils ont constaté que la plupart des mutations courantes sont neutres pour le virus. Cela inclut une mutation de la protéine en pointe du virus appelée D614G, qui a été largement signalée comme étant une mutation courante qui pourrait rendre le virus plus transmissible. Les nouvelles données montrent que cette mutation n’est en fait pas associée à une augmentation significative de la transmission.

Guide visuel du coronavirus SARS-CoV-2. (Scientific American)

Les chercheurs ont découvert que la plupart des mutations courantes semblent avoir été induites par le système immunitaire humain, plutôt que d’être le résultat de l’adaptation du virus à son nouvel hôte (humain). Cette situation contraste avec une autre analyse par la même équipe de ce qui s’est passé lorsque le SRAS-CoV-2 s’est ensuite propagé des humains aux visons d’élevage.

Selon les chercheurs :

Les nouvelles sur le front des vaccins semblent excellentes. Le virus pourrait bien acquérir des mutations échappant au vaccin à l’avenir, mais nous sommes convaincus que nous pourrons les signaler rapidement, ce qui permettrait de mettre à jour les vaccins à temps si nécessaire.

L’étude publiée dans Nature Communications : No evidence for increased transmissibility from recurrent mutations in SARS-CoV-2 et présentée sur le site de le site de l’University College London : SARS-CoV-2 mutations do not appear to increase transmissibility.