Cette semaine, des scientifiques rapportent la découverte d’un nouveau virus pourtant très commun qui vit de bactéries à l’intérieur de nos intestins. Il a été baptisé crAssphage et nous verrons plus loin d’où il tire son nom. Et il est environ six fois plus abondant que tous les autres virus bactériens connus réunis alors comment avons-nous pu passer à côté pendant si longtemps ? 

Ce  manquement pourrait sembler particulièrement étrange compte tenu de l’intensité avec laquelle notre microbiome intestinal a été examiné dernièrement. Alors que toute l’attention s’est concentrée sur les bactéries, le microbiome comprend aussi des virus et des champignons. Les virus que nous connaissons le plus sont ceux qui nous rendent malades, mais les crAssphage et d’autres virus qui vivent dans nos intestins attaquent les bactéries, pas les humains. Ils sont appelés bactériophages, ou seulement phages, pour faire court.

Votre Guru les a largement décrits dans quelques un de ses articles comme :
– Comment les virus attaquent les bactéries avec une arme en fer chargée. (Vidéo) 
– Les images du processus d’infection du virus T7 employé sur une bactérie. (Vidéo) 
– Des virus volent et réutilisent le système immunitaire d’une bactérie pour le retourner contre celle-ci 

Vous pouvez en admirer sa représentation ci-dessous et les voir (via Microscopie électronique à balayage) attaquer une bactérie intestinale E. coli dans l’image d’entête.

Si les crAssphage n’ont pas été trouvés plus tôt, c’est que nous ne savions pas à quoi il ressemblait (génétiquement). Alors que les nouvelles technologies de séquençage sont devenues plus rapides et moins chères, ils ont encore une faiblesse : ils sont parfaits pour trouver des choses que nous connaissons, mais ils ne servent pratiquement à rien dans la recherche de nouveaux organismes. Lorsque les chercheurs analysent un échantillon de selles, ils obtiennent une soupe de tous les fragments d’ADN qui peuvent être issus de bactéries, de virus et même de  l’homme. Ensuite vient la tâche du calcul intensif afin d’assembler ces fragments dans des séquences qui peuvent être identifiées.

Le problème est que si nous ne connaissons pas la séquence d’un virus encore inconnu, nous ne pouvons pas le trouver avec cette technique. En fait, selon Bas Dutilh, auteur de cette nouvelle étude, environ 75 % des séquences d’ADN dans un nouvel échantillon de selles sont inconnus. Afin de contourner le problème, l’équipe de Dutilh a trouvé une approche différente, basée sur une idée simple: que les fragments qui se retrouvent de façon répétée dans les mêmes échantillons sont plus susceptibles de faire partie du même génome. Ils ont utilisé une technique appelée “cross-assembly” pour identifier de tel groupe de séquences concomitantes, dans des échantillons de selles de 12 personnes. Ils ont ensuite assemblé ces séquences en un seul génome.

Le crAssphage a ainsi été nommé par la technique cross-assembly qui a conduit à sa découverte. L’équipe de Dutilh a ensuite vérifié que le crAssphage vivait des Bacteroides, un genre de bactéries communes dans nos intestins.

En tout, l’équipe a trouvé des crAssphage dans le 75% des séquences de l’intestin qu’ils ont étudié de personne des États-Unis, d’Europe et de Corée du Sud. Nous ne savons toujours pas exactement ce que les phages font dans notre intestin, mais ils jouent certainement un rôle dans l’écosystème microbien intestinal. Une étude l’an dernier (décrite dans : “Notre “morve” a son propre système immunitaire”) suggérait que les phages aident à contrôler la population des bactéries, garantissant qu’aucune espèce en particulier ne puisse monopoliser l’espace.

Les scientifiques estiment qu’il y a 100 fois plus des particules virales que de cellules humaines dans notre corps, il y a donc encore beaucoup à apprendre sur ce que nous sommes vraiment.

L’étude publiée dans Nature Communications : A highly abundant bacteriophage discovered in the unknown sequences of human faecal metagenomes.