Il y a des bactéries dans le sol qui peuvent résister à nos antibiotiques. C’était prévisible, ces médicaments sont nos propres versions de composés naturels qui ont agressé les bactéries pendant des millions d’années. Bien sûr, elles ont développé une résistance.

Il y a aussi des bactéries pathogènes dans les hôpitaux et les cliniques qui peuvent résister à nos antibiotiques (Bactérie multirésistante). C’était également prévisible, nous nous exposons, souvent inutilement, à des doses élevées de ces médicaments. Bien sûr, les bactéries ont développé une résistance.

Voici quelque chose de fascinant cependant : certains des gènes qui confèrent une résistance aux bactéries inoffensives du sol sont exactement les mêmes, lettre d’ADN par lettre d’ADN, qu’à ceux qui confèrent une résistance aux dévastatrices bactéries des infections nosocomiales, que l’on trouve dans nos hôpitaux.

Image d’entête : La bactérie Pseudomonas aeruginosa de plus en plus souvent responsable d’infections nosocomiales.

Cette nouvelle découverte, par Gautam Dantas de l’école de médecine de Washington à St Louis (Etats-Unis), suggère que les bactéries de l’environnement fourniraient des armes génétiques à ceux qui nous tuent (ou l’inverse).

Un tel échange a longtemps été soupçonné, mais Dantas en a maintenant trouvé la preuve.

L’idée était que l’utilisation d’antibiotiques, dans l’élevage du bétail ou pour contrôler les bactéries végétales, crée une forte pression évolutive pour développer une résistance aux médicaments chez les microbes du sol. Les gènes conférant cette résistance peuvent trouver leur chemin dans les microbes qui infectent les humains.

Jusqu’à présent, les scientifiques n’avaient documenté que deux exemples de bactéries libres avec des gènes de résistance identiques à celles pathogènes trouvées en cliniques. Pour cette nouvelle recherche, les chercheurs ont isolé des bactéries résistantes aux antibiotiques à partir de 95 cultures dérivées du sol sur 11 sites à travers les États-Unis. Ils ont ensuite extrait des fragments d’ADN des microbes résistants et ont testé leur capacité à conférer une résistance aux antibiotiques dans la bactérie commune que nous transportons, l’Escherichia coli. De cette façon, les chercheurs ont découvert 110 gènes de résistance, dont la moitié environ étaient nouveaux pour la science.

Sept de ces gènes étaient exactement identiques à ceux précédemment récupérés par des agents pathogènes dans les échantillons cliniques provenant de tous les grands continents. Ces gènes permettent aux bactéries de résister, de différentes façons, à cinq classes différentes d’antibiotiques.

Ces transferts sont probablement arrivés récemment. Alors que les bactéries accumulent très rapidement des mutations, ces parfaites similitudes suggèrent que ces séquences sont de nouveaux échanges, qui n’ont pas eu assez de temps pour diverger.

Les bactéries peuvent également s’échanger de nombreux gènes à la fois. Certains des sept gènes identifiés par Dantas se tiennent en grand groupe, muni de séquences qui rendent plus facile leur déplacement entre les espèces microbiennes. Cela signifie qu’une bactérie pourrait récupérer la capacité de résister à de nombreux antibiotiques différents en une seule fois.

Dantas prévient que bien que son étude “montre que le flux de gènes se produit," elle ne montre pas "la direction dans laquelle il se produit." Les agents pathogènes humains se sont introduits dans l’environnement et ont partagé leurs gènes avec les bactéries du sol, ou inversement , les microbes du sol auraient pu, en quelque sorte, finir chez les patients. "Le scénario le plus probable dans mon esprit, c’est que les gènes de résistance vont dans les deux sens", a déclaré Dantas.

Une voie possible, pour ce partage de gène, pourrait provenir de bactéries bénéfiques dans notre corps, qui pourrait, en tant que passeurs des gènes de résistance, les récupérer des bactéries du sol que nous ingérons via des aliments contaminés par des agents pathogènes qui nous infectent en même temps. En effet, l’un des gènes identifiés par Dantas a également été trouvé dans une bactérie intestinale humaine.

La recherche annoncé sur le site de l’université Washington à St Louis : Human and soil bacteria swap antibiotic-resistance genes.

L’étude publiée sur Microbial Ecology : The Shared Antibiotic Resistome of Soil Bacteria and Human Pathogens.