Préhistorique mixité mixte : un (autre) lointain parent des humains a fricoté avec nos cousins

Avant que nous ne devenions les seuls humains encore présents sur la planète, l’Homo sapiens a fricoté avec les Néandertaliens et les Dénisoviens qui leur étaient étroitement liés.

Image d’entête : crâne de Néandertal de la carrière de Forbes. (AquilaGib/ WikiCommons)

Maintenant, une équipe de chercheurs de l’université de l’Utah (Etats-Unis) est arrivée à la conclusion qu’une lignée plus ancienne d’humains « super-archaïque » s’est croisée avec les Dénisoviens et l’ancêtre commun des Néandertaliens et des Dénisoviens, un groupe qu’ils appellent les « néandersoviens ».

Cette nouvelle étude est la dernière d’une série visant à mettre en évidence la fluidité du pool génétique des premiers humains.

Le nouveau modèle suggère la scission de l’homme super-archaïque de l’ancêtre commun des humains modernes, les Néandertaliens et les Dénisoviens, il y a environ 2 millions d’années, près de l’époque où la lignée Homo est apparue pour la première fois.

Les ancêtres des humains modernes se sont ensuite séparés de l’ancêtre des Néandertaliens et des Dénisoviens, les « néandersoviens »,  et les Néandertaliens et les Dénisoviens se sont séparés il y a environ 700 000 ans.

Cette population super-archaïque s’est croisée avec les Néandertaliens, puis plus tard avec les Dénisoviens.

Lorsqu’ils se sont croisés, les humains super-archaïques et les Néandertaliens auraient été séparés pendant 1,2 million d’années. Les super-archaïques étaient encore plus éloignés des Dénisoviens avec lesquels ils s’accouplaient.

Plus tard encore, les premiers humains modernes se sont séparés en une lignée africaine et une lignée eurasienne, les groupes de la lignée eurasienne se mêlant aux Néandertaliens et aux Dénisoviens.

Un arbre évolutif comprenant quatre épisodes proposés de transfert de gènes. L’événement inconnu il y a 744 372 ans (orange) suggère que des croisements se sont produits entre les super-archaïques et les ancêtres néandertaliens et dénisoviens en Eurasie. (Alan Rogers/ Université de l’Utah)

Dans la dernière étude, l’équipe a recherché des séquences communes dans les données du génome des Néandertaliens de la grotte de Denisova dans les montagnes de l’Altaï, en Sibérie, et de la grotte de Vindija en Croatie, ainsi que des Européens modernes, puis elle a utilisé une méthode de calcul pour déterminer lequel de plusieurs scénarios correspond le mieux aux données.

Plusieurs scénarios, plus simples, ont été proposés ces dernières années, mais selon le généticien des populations Alan Rogers, qui a dirigé les travaux de modélisation actuelle :

Le modèle de chacun correspond mal aux données. C’était donc une indication que quelque chose avait été omis du modèle.

La pièce manquante, selon le nouveau modèle, est l’humain super-archaïque.

Les résultats résolvent certaines questions épineuses qui existaient avec les travaux précédents. Par exemple, une proposition basée sur la génétique a estimé que les Néandertaliens et les Dénisoviens se sont séparés il y a environ 381 000 ans, mais les restes de Néandertaliens trouvés dans la Sima de los Huesos en Espagne, ou “gouffre aux ossements”, sont antérieurs à cette séparation. Les os ont été datés à 600 000 ans.

Selon Rogers :

C’était une véritable divergence entre l’estimation génétique et l’estimation fossile.

Le nouveau modèle corrige cette divergence.

Il correspond également à un récit assez simple des premières migrations humaines. Une première vague de migration hors d’Afrique s’est produite il y a environ deux millions d’années. Les fossiles de Dmanisi, en Géorgie, qui datent d’il y a 1,85 million d’années, attestent de cette migration.

La super-archaïque est probablement issue de ce premier peuplement eurasiatique.

Il y a environ 700 000 ans, une deuxième vague de migration en provenance d’Afrique a eu lieu. Il s’agissait des Néandersoviens, qui ont largement remplacé les super-archaïques résidents et qui ont ensuite formé des Néandertaliens à l’ouest et des Dénisoviens à l’est.

Plus tard encore, il y a environ 50 000 ans, les ancêtres des humains modernes ont fait le voyage hors d’Afrique, remplaçant finalement les Néandertaliens et les Dénisoviens d’Eurasie.

Tout le monde n’est pas convaincu. Kay Prüfer, généticien informaticien de l’Institut Max Planck pour la science de l’histoire humaine, se dit sceptique quant à l’approche utilisée. Mais, dit-il, « le désaccord dans la science n’est pas un drame. Nous finirons par trouver l’explication qui convient le mieux. Souvent avec de meilleures données ».

Qui étaient ces humains super-archaïques ?

Personne ne le sait avec certitude, mais l’Homo erectus et l’Homo antecessor sont des prétendants. Mais, pour Rogers, « ça aurait pu être une autre population que nous ne connaissons pas. »

La semaine dernière, des chercheurs qui ont passé au crible le génome des Africains de l’Ouest ont découvert le signal d’un croisement avec un ancien « fantôme » hominidé.

Il n’est pas clair si l’hominidé fantôme d’Afrique de l’Ouest et l’hominidé super-archaïque que Rogers et ses collègues ont trouvé ne font qu’un, mais Rogers est impatient de le découvrir.

L’étude publiée dans Science Advances : Neanderthal-Denisovan ancestors interbred with a distantly related hominin et présentée sur le site de l’université de l’Utha : Earliest interbreeding event between ancient human populations discovered.