Une première ébauche d’un arbre de la vie (plus correctement désigné arbre phylogénétique) pour les millions d’espèces nommées d’animaux, de plantes, de champignons et de microbes a été publiée.
“L’Open Tree of Life" (Arbre de vie ouvert) est une tentative, par des chercheurs de nombreuse université américaine, de dessiner les relations entre les organismes qui existent aujourd’hui et de remonter à leurs origines communes à travers l’histoire de l’évolution. L’arbre, qui est techniquement plus l’agrégation de centaines de petits arbres, est pour la première fois une tentative de documenter les près de 2,3 millions d’espèces connues sur Terre.
Le monde scientifique n’est pas étranger à la création de ces arbres, mais presque toutes les tentatives précédentes ont été effectuées sur des branches spécifiques de l’arbre phylogénétique global. Même si certains pouvaient parfois contenir plus de 100 000 espèces, c’est juste une fraction de toutes les créatures sur Terre, du moins de celles que nous connaissons. De toutes les compiler dans un seul document exhaustif de référence est une entreprise ambitieuse qui reflète la taille de l’objet lui-même.
Voilà pourquoi l’Open Tree of Life s’appuie sur une technique de collecte différente. Il prend le même procédé qui a permis l’enrichissement du contenu de Wikipedia et l’applique sur le projet. Tout le monde peut éditer et ajouter à la masse croissante de connaissances. Cela signifie aussi que tout le monde peut utiliser cette manne d’informations.
Comme tout arbre, il commence comme un bourgeon, englobant 500 petits arbres provenant d’études publiées précédemment. Et presque comme un véritable arbre, sa croissance ne se fera pas en un clin d’œil. La partie la plus éprouvante de ce travail est d’essayer de transformer ces arbres en un format numérique qui peut être mis en ligne. Les chercheurs ont malheureusement découvert que seule 1 étude sur 6, dans 100 journaux publiés entre 2000 et 2012, avait ses données disponibles dans un format numérique qui peut être facilement ajouté à l’arbre.
L’Open Tree of Life est dans sa “version 1.0” et il reste beaucoup de travail, mais, espérons-le, la nature ouverte du projet encouragera les amateurs à participer à l’immense ouvrage. L’équipe qui a mis en place cet arbre développe des outils logiciels qui permettront aux chercheurs de se connecter et de réviser les nouvelles données collectées.
En attendant, vous pouvez commencer à explorer toutes ces données dès maintenant. L’arbre, avec les données brutes et son code source, est disponible gratuitement en ligne ici : Open Tree of Life et l’étude pour son élaboration publiée dans PNAS : Synthesis of phylogeny and taxonomy into a comprehensive tree of life.
