L’étude génétique de l’herpès qui permet de confirmer la théorie de l’origine africaine de l’homme moderne

Qui a besoin de preuves archéologiques quand vous pouvez étudier la propagation de l’herpès labial ? En analysant le code génétique complet du HSV-1, le bien trop familier virus de l’herpès, les biologistes ont confirmé la théorie des anciennes routes migratoires humaines, à savoir l’hypothèse de “l’origine africaine de l’homme moderne”. L’herpès affecte les humains depuis des millénaires et il s’est propagé entre eux depuis que nous avons quitté l’Afrique, il y a environ 150 000 à 200 000 ans.

Image d’entête : Carte du monde avec la localisation géographique des 6 clades de HSV-1 selon la migration humaine. Chaque clade est représenté par un chiffre romain à l’intérieur d’un cercle. La Migration au sol est représentée par des lignes jaunes et la migration aérienne / maritime est représentée par la ligne rose.

Le virus spécifique utilisé pour la nouvelle étude, qui a été menée par Curtis Brandt et Aaron Kolb de l’Université du Wisconsin à Madison (États-Unis), est l’herpès simplex virus de type 1 (HSV-1), qui ne provoque généralement rien de plus que des boutons de fièvre autour de la bouche. Il n’est pas mortel, mais il est incroyablement virulent. Il a tendance à sévir dans les familles en raison de son mode de transmission, qui peut comprendre le simple contact, comme un baiser, ou par la salive. Il fait tellement partie de l’histoire humaine que Brandt fait référence à l’herpès comme “une sorte de génome externe (nous appartenant). »

Pour l’étude, les chercheurs ont comparé 31 souches de HSV-1 recueillies en Afrique , en Europe, en Asie et en Amérique du Nord. Puis, par la cartographie des profils de mutation du virus, ils ont pu reconstituer sa propagation à travers les humains alors qu’ils parcouraient le globe. En utilisant le séquençage génétique et la bio-informatique, les chercheurs ont pu analyser l’énorme quantité de données incorporées dans les 31 souches génomiques distinctes.

L’équipe de Brandt a étudié les changements dans les séquences de base du génome de l’herpès. Cela leur a permis de construire une sorte d’arbre généalogique qui a révélé le dernier ancêtre commun de chaque souche. L’équipe a séparé le génome HSV-1 en 26 morceaux, a constitué l’arbre généalogique pour chaque morceau pour ensuite combiner les arbres dans une arborescence de l’ensemble du génome.

Cette image montre l’arbre phylogénétique pour 31 souches HSV-1 et leurs 6 clades, basé sur l’origine géographique. Les isolats viraux sont colorés en fonction du pays d’origine : les États-Unis en bleu clair, le Royaume-Uni en bleu foncé, la Chine en rouge, la Corée du Sud – violet, Japon en orange et le Kenya en vert.

Et parce que les chercheurs ont associé l’herpès à des endroits précis, ils ont pu cartographier la propagation du virus et ainsi des humains, à travers le temps et l’espace.
Etonnamment, les différentes souches virales se sont exactement conformées à ce que les anthropologues et les généticiens moléculaires affirment depuis des décennies : que les humains sont originaires d’Afrique, qu’ils se sont étalée en Europe et en Asie pour finalement franchir le « pont terrestre » de la Béringie en Amérique du Nord.

L’analyse des souches africaines a montré la plus grande diversité génétique, une forte indication qu’ils avaient les racines les plus anciennes.

Selon Brandt :

Nous avons constaté que tous les isolats africains se regroupent, tous les virus de l’Extrême- Orient, de Corée, du Japon, de la Chine se sont regroupés ensemble, tous les virus en Europe et en Amérique, à une exception près, se sont rejoints.

Nos résultats confirment clairement les données anthropologiques et d’autres données génétiques, qui expliquent comment les humains venus d’Afrique au Moyen-Orient ont commencé à se propager à partir de là.

La recherche confirme l’idée selon laquelle une petite population humaine a traversé un “goulot d’étranglement” pour passer de l’Afrique au Moyen-Orient, pour se séparer vers l’Europe et l’Asie, puis en Amérique.

Chaque échantillon d’HSV-1 des États-Unis correspondaient aux souches européennes, sauf un qui a été isolé au Texas. Il n’y a que deux explications possibles : l’échantillon provenait de quelqu’un qui avait voyagé aux États-Unis à partir de l’Extrême-Orient, ou il est issu d’une Amérindienne dont les ancêtres ont traversé le pont de terre à travers le détroit de Béring il y a environ 15 000 ans.

Si c’est cette dernière supposition, qui semble la plus probable, les chercheurs ont constaté que cela soutient à l’hypothèse de pont terrestre. Qui plus est, la date de divergence de l’ancêtre le plus récent était de 15 000 ans, une correspondance presque parfaite. Les chercheurs soupçonnent donc que c’est une version amérindienne du virus.

L’étude publiée sur PLoS One : Using HSV-1 Genome Phylogenetics to Track Past Human Migrations.