Votre corps est recouvert de minuscules écosystèmes fongiques. Et  pour la première fois, des scientifiques ont cartographié les lieux où les champignons se développent le plus sur votre peau. La richesse fongique varie le long de votre corps, mais la plupart des diverses communautés de ces microbes vivent sur vos pieds.

Image d’entête : couches supérieures de peau humaine (cellules jaunes) avec des bactéries (magenta) et des champignons (bleus vert). (Alex Valm – NHGRI) 

Au cours des dernières années, les scientifiques ont consacré beaucoup de temps à étudier le microbiote intestinal, l’écosystème de bactéries microscopiques et d’autres microbes vivant à l’intérieur de nos intestins. Des études montrent que votre flore intestinale symbiotique est essentielle pour rester en bonne santé et vous aide à vous protéger de la colonisation par d’autres microbes qui peuvent vous rendre malade. Mais moins d’attention a été accordée au microbiome de votre peau.

De précédentes recherches ont défini précisément les bactéries qui vivent sur notre peau, mais on ne peut pas dire la même chose des champignons, alors que de nombreuses personnes sont atteintes de certaines formes d’infections fongiques de la peau, comme les mycoses des ongles (Onychomycose), les infections de la peau (Dermatophytose) et les infections causées par des levures (Candidose). Le problème, qui complique le diagnostic et le traitement des infections fongiques, est que la culture de ces champignons peut être très lente en laboratoire, principalement en raison de la difficulté à identifier et à reproduire les conditions nécessaires à la croissance de champignons en bonne santé.

Un follicule pileux sur la peau du dos entouré par des bactéries et des champignons sous un microscope à fluorescence. Les champignons apparaissent en bleu-vert, les bactéries apparaissent rose et les cellules épithéliales et l’axe des cheveux en jaunes. (Alex Valm – NHGRI)

Ainsi, plutôt que de s’en tenir seulement aux cultures, les chercheurs de l’Institut américain de recherche sur le génome humain et l’Institut américain du cancer ont utilisé des techniques de séquençage de l’ADN pour identifier les champignons (la même méthode utilisée précédemment pour identifier les bactéries qui vivent sur notre peau). L’équipe a commencé par la collecte d’échantillons sur 14 zones du corps de 10 adultes en bonne santé, qui n’ont pas de maladies chroniques, de maladies dermatologiques ou qui utilisent des antimicrobiens.

Selon la co-auteure Heidi Kong, une dermatologue du National (américain) Cancer Institute :

Les patients dont le système immunitaire est affaibli ou qui sont diabétiques ont des risques d’infections du nez, de la bouche, des poumons et de la peau avec le champignon Mucor et d’autres. Sur la base de cette connaissance, nous soupçonnons que la composition fongique de la peau sera différente chez les patients atteints par ces types de condition médicale.

Avec le séquençage de l’ADN, Kong et ses collègues ont généré plus de 5 millions de marqueurs phylogénétiques, ou des fragments d’ADN, qu’ils ont utilisés pour permettre d’identifier plus de 80 genres fongiques. Ils ont également utilisé des méthodes de culture traditionnelle pour identifier les champignons, mais cette technique n’aboutit qu’à 130 colonies fongiques de 18 genres.

Les résultats montrent que notre peau est le foyer de deux phylums fongiques : Les Ascomycètes et les Basidiomycètes. L’équipe a découvert que les espèces fongiques de Basidiomycètes du genre Malassezia, qui sont à l’origine des pellicules et de la dermite séborrhéique, règnent sur votre peau, dominant les 11 sites principaux du corps. Les Malassezia étaient également présentes sur trois zones du pied (les ongles, talons et entre les orteils), mais ces sites présentent une plus grande diversité fongique que le reste du corps.

Plus précisément, les chercheurs ont trouvé respectivement 80, 60 et 40 types de champignons sur le talon, les ongles des pied et entre les doigts de pied. Par comparaison, les bras avaient seulement de 18 à 32 genres de champignons, tandis que les zones de la tête et du tronc hébergeaient seulement de 2 à 10 types fongiques.

Diversité fongique humaine. (Darryl Leja et Julia Feckes – NHGRI)

Les chercheurs ont remarqué que les communautés fongiques des pieds semblaient varier au fil du temps, ce qui suggère que l’instabilité fongique peut être à l’origine des maladies courantes telles que le pied d’athlète et les mycoses des ongles. Ainsi, il se pourrait bien que nos champignons empêchent le développement d’autres microbes nocifs et de certaines maladies de la peau liées aux écarts fongiques (similaire à ce qui se passe avec notre microbiome intestinal), bien que davantage de recherche soit nécessaire pour savoir si ses champignons fournissent vraiment un avantage.

L’équipe a également comparé les diversités fongiques et bactériennes des participants, qui ont donné des résultats intéressants. Par exemple, les bras ont une faible diversité fongique, mais une diversité bactérienne élevée, et l’inverse est vrai pour les pieds. Et tandis que des recherches antérieures ont montré que la diversité bactérienne peut être prédite par le caractère humide, sec ou gras de la peau, la diversité fongique semble seulement dépendre de l’emplacement du corps. D’après les chercheurs, les différences dans la diversité fongique peuvent être liées à la température de la peau.

Kong et ses collègues s’occupent maintenant de découvrir comment les communautés fongiques des personnes atteintes de maladies de la peau diffèrent de celles de personnes en bonne santé. Une meilleure compréhension des écosystèmes fongiques et bactériens sur notre corps aidera les scientifiques et les médecins à mieux lutter contre les maladies de la peau. Une telle compréhension serait particulièrement utile pour les patients atteints de cancer, dont le système immunitaire est souvent affaibli par les traitements, laissant l’opportunité à des infections d’apparaitre sur la peau et les ongles. Certaines de ces infections peuvent se propager à travers le corps et être dangereuses pour ces patients.

Leur étude publiée sur Nature : Topographic diversity of fungal and bacterial communities in human skin, les images à partir du NHGRI et l’annonce sur le site des Instituts américains de la santé : NIH researchers conduct first genomic survey of human skin fungal diversity.